进行顺利，须十年到二十年之工作。凡事非经艰难缔造，难收效恢弘。以清华之现状，非无发展之可能。当此过渡时期，束缚尚多，倘及此时早植强固之根基，本各方互助之精神，合全力以奔赴，当不难达到。”
1928年1月4日，学生方面闻曹云祥辞职消息，召开全体大会，决议挽留。曹云祥在学生欢送会上说了什么话，没有资料查证，但他是颇受学生欢迎的一位校长，是确定无疑的。有人说：其实，曹云祥坚辞的另一原因是，张作霖此时已在北京组织奉天内阁，自知必不能久位。 会后全体同学上书外交部：
曹校长在校六年，校中添设大学部及研究院，而大学部开11个系，待开者6系。研究院尚拟正式扩充为大学院。跟划实施，确有相当成绩。况际此大计划，尚无完全实现。继续发展，刻不容缓。校长驾轻就熟，完成大学事业，似最适宜。此生不得不恳请挽留。此次校长辞职，据闻是研究院少数同学不满校长，上书控告之故。因一部同学义气之争，致令全校同学发展，受其影响，同学权衡轻重，不得不挽留校长。
1月6日晚，教授方面开临时会议，谈论校长辞职问题。会议认为“曹校长莅校以来，经营校务，不遗余力；兹递萌退志，与学校前途，不无影响，当即议决由教授会分别上书外交部及曹校长，表示挽留大意。”
1928年1月11日，外交部批准清华学校校长曹云祥辞职，14日，外交部派严鹤龄为清华学校代理校长。1月16日，清华学校学生会在清华礼堂欢送曹云祥校长。 2月，《清华周刊》发表了《曹前校长辞职补志》：</p>
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