，江山不稳，才不敢对孔融下手罢了。一个统治者，可以不理会与当局不合作的知识分子，但不合作而且捣乱的知识分子，就不会轻轻放过，不过时间早晚罢了。
孔融此人，学问很大，政治上并不十分成熟，勇气不小，斗争经验相当缺乏。自信过甚，对时局常常估计错误，书生意气，以为他有自由论坛，其实，他不过和曹操玩了一次以卵击石的危险游戏罢了。知识分子的毛病，就是有了一点声望之后，自我感觉马上就特别的好起来，好得不知好歹，好到不知冷热，好到晕晕乎乎，不知天高地厚。
《后汉书》记载他和祢衡的一段对话：“衡谓融曰：‘仲尼不死。’融答曰：‘颜回复生。’”一个成了孔子，一个成了颜回，可以看到他们互相吹捧的热烈程度。正如今日文坛上，某些评家吹作家作品不朽，某些作家吹评家文章盖世的现象一样，那臭脚捧得相当肉麻而有趣。
当初，何进之所以不愿收拾他，很可能这位屠户出身的大将军有点像《儒林外史》里那位胡屠户不敢打那中举而疯了的女婿范进；文曲星下凡，太令人敬畏了。而曹操，在文学上，是领袖群伦的大手笔，在政治上，更是一个纵横捭阖的强者，当然不会把这个大名士的文学成就，多么当回事。但是，政治上的孔融在曹操眼里，是被看作他精神上的主要敌人，是“海内英俊皆信服之”的反对派，一点也不敢掉以轻心。
虽然，他有资格看不起出身微贱的曹操，敢当面问：“你算老几？”但是他忘记自己是一无兵卒，二无地盘，三无资本，四无奥援的毫无实力徒有虚名的人物。更重要的一点，当时，名义上的皇帝是汉献帝，说好了，是傀儡，说不好，就是高级俘虏，用镀金牢笼关起来的囚犯。在许都，挟天子以令诸侯的曹操说了算，拥有予取予夺的最高权力。曹操要孔融做政治花瓶，装饰门面，他不干；偏不自量地向曹操发动正面进攻，要成为与之抗衡的政治反对派。
从曹操下定决心讨伐袁绍起，孔融就与曹操意见相左，在大政方针上与曹操公开唱反调。与被监视的汉献帝过往甚密，动不动就上表，也很遭曹操的忌。煽动祢衡在大庭广众中辱骂曹操，让他很不下了台。有一回曹操禁酒，他反对曹操的极端做法，说：“尧正因为喝酒，才成为圣贤；桀纣虽然以色亡国，但也不能为了防范，不许此后的男女婚姻呀！”袁绍失败以后，他给曹操写了封信，说：“武王伐纣，把妲己赐给了周公。”曹操犯了一次傻，问他，“典从何出？”他回答：“以今度之，想当然耳。”因为曹操打下冀州时，把袁绍那位漂亮的儿媳妇甄氏，给了自己儿子曹丕。于是，可想而知，曹操对他多么恼火了。
所以，孔融一经人告发，说他有诲谩诽谤之罪，立刻就把他抓了起来。
其实，他的两个儿子，也知道他早晚要倒霉，所以，军吏来逮捕孔融时，这两兄弟正在下棋，别人劝他们赶快躲一躲，他们说：“覆巢之下，焉有完卵？”连小孩子都知道处境危殆，孔融还要当反曹的领袖，这就是文人永远玩不过政治家的原因了。
按说，孔融的言论，严重程度也未超过祢衡，但曹操不杀祢衡的头，为什么对孔融却不肯轻饶呢？如果说孔融是大文人，曹操同样是大文人，由于文人相轻，嫉妒才华，才要置孔融于死地的话，那么陈琳在文章里，指着鼻子骂曹操，也不曾掉脑袋。那为什么要将孔融弃市呢？
政治家曹操最忌畏的，莫过于反对派结成一股政治势力。所以，不杀祢衡，因他不过是一个幼稚的文学青年罢了，势单力孤，一条小泥鳅，翻不出大浪。不杀陈琳，因他不过是一个写作工具，而且已经认输降服，不可能有多大蹦头。可孔融则非如此，“虽居家失势，而宾客日满其门”，“家中客常满，樽中酒不空，吾无忧矣！”成为当时许都城里一股离心力量的领袖人物，这是曹操最深恶痛绝的，无法容忍的，所以，他就只有让孔融伏刑了。
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