投诚的船家商行掌柜秦祥在这次船帮大案里立了大功，唐大鹏兑现了诺言，安排他化装偷偷躲到了沿海一个小集镇隐居。秦祥一生平安，终老他乡。
船帮系列案是唐大鹏这个锦衣卫指挥使特使专案侦破审理的，而锦衣卫审理的案件，直接向最高领寻明成祖负责，地方官府根本无权过问。
唐大鹏的密报上去一个多月之后，皇上明成祖下旨，将保宁府锦衣卫百户所百户周鉴真及其参与围杀唐大鹏的锦衣卫们，全部凌迟处死，并株灭其九族，同时下令全国海捕在逃的锦衣卫。后来也一一缉捕归案，凌迟处死。
对船帮参与私盐武装贩运者，和后来赶来增援的船帮帮众，不分主从，比照“强盗已行得财律”，全部处以斩立决，并对负责人陆源平、保宁府同知罗慕天，及其船帮负责私盐贩运的骨干成员，全部枭首示众。
对保宁府知府赵常乐御下不严，处杖一百，罚俸半年。
此外，下令对在逃的船帮保宁府大掌柜陆源平、船家商行帐房先生王雄剑、原保宁府锦衣卫百户所樊总旗进行全国海捕。
几个月后，除了大掌柜陆源平一直下落不明之外，樊总旗和王雄剑相继被锦衣卫密探发现踪迹，抓捕归案，樊总旗被凌迟处死，王雄剑被斩立决。s。 好看在线这是后话，按下不提。
明成祖同时下旨，对这次在征剿船帮私盐船队和保宁府锦衣卫叛贼战死的将士厚加抚恤，对杨俊豪、简慧、徐可、石秋涧等护卫保护特使及其家眷有功的护卫队员们，和这次战斗中立功的将士们给与了丰厚的奖赏。
明成祖还特旨嘉奖了宜山公主燕璐，鉴于燕璐带领亲兵铁骑在这次战斗中起到了至关重要的作用，成功保护了庆远伯唐大鹏，只是由于燕璐是女孩子，不能当官，所以在封赏她若干金银财宝之余，还破格任命燕璐的哥哥燕世雄为保宁府锦衣卫百户所百户，正六品，并授权其重新组建新的保宁府锦衣卫百户所。
明成祖这个安排的用意显而易见，一方面嘉奖燕璐的功劳，另一方面对苗王燕云天表现出用人不疑的姿态，进一步坚定苗王燕云天对朝廷的忠心，从而稳定苗疆，另外，唐大鹏是燕世雄的救命恩人，让燕世雄在唐大鹏任职的担任这样重要的角色，无形中进一步增强了唐大鹏对付建文余党的力量。
鉴于唐大鹏护卫队在这次战斗中折损了不少，明成祖和纪纲都发现了以前调拨给唐大鹏的护卫队力量还是太过单薄，便分别从大内侍卫和各地锦衣卫中抽掉了若干高手，充实唐大鹏的护卫队。
经过这次充实，唐大鹏的护卫队达到了两百人，而且全都是百里挑一的大内侍卫和锦衣卫中的精英组成。其中男护卫一百五十名，女护卫五十名，仍然分别由杨俊豪和简慧带领。分别保护唐大鹏和唐大鹏的随身家眷。简慧在精心调养之下，身体恢复很快。
与此同时，为了解除唐大鹏的后顾之忧，纪纲专门增加调拨
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