刘玄知道赤眉军要进攻长安，便派了朱鲔、李轶、田立率领三十万人守洛阳，鲍永、田邑驻军并州，阻挡赤眉军攻打长安。
邓禹西入函谷关之前，刘秀问了邓禹一个很重要的问题：“谁可镇守河内郡？”河内郡（今河南省焦作市），地势险要，物产丰富，刘秀把它比作高祖刘邦的关中，是刘秀的粮仓；他要选一个“萧何”镇守河内，但思前想后都没有合适人选，便问了邓禹的意见。
邓禹推荐了寇恂：“寇恂文武备足，有牧民御众之才，非此子莫可使也！”刘秀率军北上之前给寇恂说了沉甸甸的话：“昔高祖留萧何关中，吾今委公以河内。当给足军粮，率厉士马，防遏它兵，勿令北度而已！”邓禹的眼光没错，寇恂有萧何之才，后来他在河内征集粮食，制造武器，供应军需。即使刘秀的大军远征，物资却从不缺乏。
公元25年正月，赤眉军两支队伍进展顺利，在弘农郡胜利会师。刘玄采取了主动进攻，派了苏茂对赤眉军进行了拦截，可惜结果从不意外：被赤眉军大败。不是苏茂脓包，只是胜利会师的赤眉军整整三十万（实数），樊崇指挥得当，赤眉军士气正盛。樊崇指挥几倍的赤眉军对战苏茂，败了反而是奇闻了。
三月，不信邪的刘玄，派出丞相李松率大军讨伐赤眉，两军在务乡展开激战。李松是个读书人，从没有统兵打过仗（邓禹这种天才将领很少见的），又如何是强大赤眉军的对手？意料中的大败，这一仗，李松损失了三万人。打败李松之后，赤眉军继续北进，到了湖县。
四月，公孙述在川蜀正式称帝，改年号
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