清军入关后，虽然镇压了声势浩大的农民军和东南、西南以及其他各地的抗清力量，建立了全国的封建统治，但实际上在康熙初期，南方尚有“三藩割据”，东南海上郑成功的子孙还占据着台湾，西北边疆蒙古准噶尔部也未臣服。康熙为了实现全国统一，不得不进行“南征北战”。
“三藩”，是指镇守云南的平西王吴三桂、镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。他们割据一方，并不断向外发展，严重威胁着清朝政府的统治。1673年，康熙以尚可喜奏请归老辽东为机缘，开始撤藩。撤藩令一下，吴三桂即于当年十一月在云南发动暴乱。康熙十三年(1674年)初，吴三桂率军攻入湖南，平南王的女婿广西将军孙延龄、靖南王耿精忠先后响应。随后，云贵、四川、湖广、闽粤、甘陕等地握有重兵的清军提镇大员也纷纷竖起叛旗。清朝廷采用打击与安抚相结合的办法，最后于康熙二十年(1681年)十月，平定了历时八年之久的“三藩”之乱。
“三藩”之乱平定之后，统一台湾成为清政府必须解决的问题。康熙二十年(1681年)，清朝廷派大将姚启圣、施琅进攻台湾。康熙二十三年闰六月，施琅攻下澎湖，据守台湾的郑成功的孙子郑克爽投降。八月，清军胜利进驻台湾。第二年，清政府在台湾设立一府(台湾府)三县(台湾、凤山、诸罗)，隶属于福建省，从而使台湾归入中国的版图。
康熙初年，居住在天山北路的蒙古族中的厄鲁特准噶尔部的封建大地主噶尔丹合并了其他三部，占据了天山南路各城。1690年，噶尔丹在沙俄支持下，率兵向内蒙古进攻。康熙帝为了维护国家的统一，巩固自己的统治，先后三次亲自带兵出征，1690年，大败噶尔丹于乌兰布通。噶尔丹在清兵的追击下，于1697年败死。后来，其
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