侄子策妄阿拉布坦又发动叛乱，康熙帝1720年再次带兵出征，平定了叛军。1757年，乾隆帝又派兵平定了准噶尔贵族阿睦尔撒纳的叛乱。至此，准噶尔部才终于臣服。清政府设立了伊犁将军、参赞大臣等，率兵分驻伊犁、塔城等地，加强了对天山北路的统治。
雍正五年(1727年)，清政府在西藏设置驻藏大臣，以监督西藏地方事务。乾隆五十七年(1792年)，英国殖民者唆使尼泊尔封建主入侵西藏，被清政府击败。清政府对西藏的政治、经济、军事进行了一系列的重大改革，使西藏地区与中央政府之间的关系更加密切。
在少数民族众多的西南地区，清政府于1726年至1731年间，实行了“改土归流”的政策，即由朝廷直接派遣的流官代替原来由少数民族世袭的土司，从而削弱了土司的势力，消除了这些地区的割据状态，加强了统治。
1757年，南疆回部首领大、小和卓木煽动维吾尔族贵族发动叛乱。在各族人民的帮助下，清政府于1759年粉碎了这次叛乱活动，制定措施加强和巩固对天山南路的统治。1820年，大和卓木的孙子张格尔在英国侵略者的唆使下，率叛军窜入天山南路各城，要恢复对“回疆”的统治。1827年，清军在维吾尔族人民的支持下，收复叛军，并俘获了张格尔，收复了天山南路各城，恢复了祖国的统一。
经过一系列征战之后，清政府实现了国家的真正统一。清朝前期，我国的疆域西达葱岭和巴尔喀什湖，北接西伯利亚，东到太平洋，南面包括南沙群岛。当时，生活在统一的封建国家内部的民族成员有汉、满、蒙古、回、藏、维吾尔、壮、苗等50几个民族。统一的多民族国家的建立，加强了各族人民间经济和文化的联系，促进了边疆地区的开发。
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