不久，赤眉军到达高陵，两头不是人的王匡和张卯没抵抗就投降了，打开城门迎接赤眉。他们知道自己连刘玄都打不过，就更别说打邓禹和赤眉了，投降对他们来说是最好的结果。不但命保住了，而且还能混个官做，何乐而不为呢？而且现在的赤眉军也高举汉军旗号，到哪里都是打工。
王匡和张卯投降赤眉后，联军攻击长安，第一个目标攻击东都门。李松作了垂死挣扎，竟然率军出城迎战赤眉，但可惜有胆无才，无力击退赤眉，反被生擒。赤眉生擒李松之后，以李松为诱饵，命令在长安城内做城门校尉的李松弟弟李况打开城门。李况知道刘玄大势已去，他和哥哥李松的关系甚深，长安城迟早被赤眉攻下，若继续坚持，必城破人亡；投降了，还能保持性命，为李家继后香火，又能救得哥哥，一举多得。九月，李况权衡利弊之后，打开城门放赤眉军入城，长安沦陷。刘玄单骑从厨城门逃跑（逃跑的功夫不错），逃到了高陵县。刘玄的手下除了丞相曹竟外全部投降赤眉。
九月初六（公元25年），当得知刘玄政权已灭之时，刘秀下诏：“封更始为淮阳王；吏民敢有贼害者，罪同大逆；其送诣吏者封列侯。”这是招好棋，刘秀一纸诏书起到了一箭双雕之效，一，向天下人表明他刘秀善待前“宗主”，刘秀不是弑君之人。二，其他人不能杀刘玄，若其他人敢杀刘玄，他日必诛。刘秀早料到赤眉必会杀刘玄，为他日讨伐赤眉占领了道德高地。若赤眉不杀刘玄，对刘秀也没有威胁，现在刘玄已成光棍司令，刘秀手下无一人心向刘玄，对刘秀构不成威胁，最多是浪费些粮食，刘秀负担得起。
九月十九日（公元25年），刘秀下诏封毫无军功的卓茂为太傅，封褒德侯。卓茂是什么人？宛人卓茂，宽仁恭爱，恬荡乐道，雅实不为华貌，行己在于清浊之间，自束发至白首，与人未尝有争竞，乡党故旧，虽行能与茂不同，而皆爱慕欣欣焉。
用现代的话来说，是个道德圣人，卓茂无大才（本人认为），为人谦恭自律，两袖清风，在百姓心中有崇高威望（好官太少，清官更凤毛麟角）。卓茂很像明朝的海瑞，能力不高，但因为谦恭自律、两袖清风而深得百姓的爱戴，是道德圣人的代表。不但道德修为像海瑞，而且在从政经历上也和海瑞颇为相似：卓茂在汉衰帝和汉平帝当了几十年密县县令，得不到升迁，不是上级忌才和卓茂不懂拍马屁，而是他的才能确实平平。有一个很著名的事例：
有一次，有人向卓茂投诉他属下的亭长接受了他所送的米和肉（受贿），有意思的对话就这样展开了。
卓茂：“为从汝求乎，为汝有事嘱之而受乎，将平居自以恩意遗之乎？”（是亭长跟你要的吗？还是你有事拖他而送给他，还是平时自有恩惠情义而送给
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